Kako bi se osigurala potpuna provedba GAP BiH na cijelom teritoriju BiH, uspostavljeni su institucionalni mehanizmi koji su u skladu sa ustavnim i zakonskim okvirom na snazi u BiH. Sa ciljem izrade, usvajanja i praćenja operativnih planova uspostavljaju se sljedeći koordinacioni odbori:
- Koordinacioni odbor za koordinaciju i praćenje provedbe GAP BiH od strane institucija BiH koji će biti uspostavljen od strane Vijeće ministara BiH;
- Koordinacioni odbor za koordinaciju i praćenje provedbe GAP BiH od strane institucija Republike Srpske koji će biti uspostavljen od strane Vlade Republike Srpske;
- Koordinacioni odbor za koordinaciju i praćenje provedbe GAP BiH od strane institucija Federacije Bosne i Hercegovine koji će biti uspostavljen od strane Vlade Federacije BiH.
Koordinacioni odbori će biti nadležni za izradu i usvajanje godišnjih operativnih planova, kao i za izvještavanje Koordinacionog odbora GAP BiH. Kao što je i navedeno u GAP BiH, institucije zadužene za osiguravanje ravnopravnost spolova u BiH također imaju važnu ulogu u koordinaciju i praćenju provedbe GAP-a, i to kroz rad Upravnog odbora kojeg čine direktorice Agencije za ravnopravnost spolova Bosne i Hercegovine (u daljem tekstu: Agencija), Gender centra Republike srpske i Gender centra Federacije BiH (u daljem tekstu: entitetski gender centri). Primarna uloga Upravnog odbora je da usvaja Smjernice za izradu godišnjih operativnih planova (u daljem tekstu: Smjernice).
U skladu sa usvojenim Smjernicama Koordinacioni odbori će do kraja mjeseca oktobra svake godine provedbe GAP BiH izrađivati prijedloge godišnjih operativnih planova koji će u smislu ujednačenog pristupa u provedbi aktivnosti biti dostavljeni Upravnom odboru na mišljenje.